study

PaperButcher, Jasper, et al. "De novo design of all-atom biomolecular interactions with rfdiffusion3." bioRxiv (2025). De novo Design of All-atom Biomolecular Interactions with RFdiffusion3 | bioRxivGithubRosettaCommons/foundry: Central repository for biomolecular foundation models with shared trainers and pipeline componentsAbstract Deep learning has accelerated protein design, but most existin..

PaperCao, Sen, et al. "Accurate structure prediction of cyclic peptides containing unnatural amino acids using HighFold3." Briefings in Bioinformatics 26.5 (2025): bbaf488. Accurate structure prediction of cyclic peptides containing unnatural amino acids using HighFold3 | Briefings in Bioinformatics | Oxford Academic Githubhongliangduan/HighFold3AbstractCyclic peptides have emerged as a research..

Paper Sun, Kunyang, et al. "SynLlama: generating synthesizable molecules and their analogs with large language models." ACS Central Science 11.11 (2025): 2108-2120. https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acscentsci.5c01285 Github THGLab/SynLlama: Code Space of SynLlama Abstract Generative machine learning models for exploring chemical space have shown immense promise, but many molecules th..

PaperTask-Driven Super Resolution:Object Detection in Low-resolution Images Motivation 기존의 Super resoultion(SR)은 사람 눈에 보기 좋은 이미지를 만드는데 집중 → 이것이 model의 성능 향상으로 이어지지 않는다. (a) 원본 고해상도(b) 저해상도(c) bicubic - 탐지 실패(d) SR - 탐지 실패(e) TDSR - 탐지 성공결론, PSNR이 높다고 탐지 성능 좋은 게 아님 Concept[1] Super resolution (SR)저해상도(LR) 이미지로부터 고해상도(HR) 이미지를 복원하는 기술이미지 품질 저하(degradation)을 되돌리는 것을 목표주요 평가 지표PSNR (peak signal..

First-in-class MKK4 inhibitors enhance liver regeneration and prevent liver failure PaperZwirner, Stefan, et al. "First-in-class MKK4 inhibitors enhance liver regeneration and prevent liver failure." Cell 187.7 (2024): 1666-1684. 간 손상(MASLD(Metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease), Fibrosis)을 치료하거나 더 악화되는 것을 막는 것도 쉽지 않은 일인데 간 재생을 할 수 있다는 연구이므로 무척 흥미로운 연구입니다. 해당 논문은 2024년에 게재되..

IntroductionHinge binder를 이해하기 위해서는 kinase에 대해 자세하게 알아야 합니다. Kinase에 대해 전부 설명하면 정작 중요한 hinge binder는 무엇인지 갈피를 잡기 어렵기 때문에 hinge binder를 이해하기 위한 최소한의 설명만 하고 넘어가겠습니다. Kinase는 염증, 신경퇴행성 질환, 심혈관 질환, 암 등 다양한 질환 치료에 적용 가능한 유명한 target 입니다. 인간 유전체에 518종의 protein kinase는 대사, 세포 주기, 분화, apoptosis 등 세포 과정의 거의 모든 측면을 조절하는데 관여합니다. 위 그림은 kinase가 ATP에서 인산기를 얻어서 protein을 인산화하는 모습입니다. 이 원리를 바탕으로 kinase inhibit..

Introduction ElectroShape에 대해 설명하기 전에 먼저, 분자의 fingerprints를 알고 계시나요? 알고 계시다면 ElectroShape에 대해서도 감 잡기가 쉬워집니다. Fingerprints는 분자의 computational representation입니다. 화학적, 분자적 특징들을 bitstring, bitvector, array의 형태로 encoding 합니다. 각 bit는 분자의 특징을 이야기합니다. ('1' 은 해당 특징이 존재, '0' 은 해당 특징이 존재하지 않음.) 일부 fingerprints에서는 count-based 로되어 있어서 특정한 특징이 얼마나 자주 등장하는지를 셀 수 있습니다. ElectroShape와 fingerprints는 모두 Molecu..

ScaffoldGraph? PaperScott, Oliver B., and A. W. Edith Chan. "ScaffoldGraph: an open-source library for the generation and analysis of molecular scaffold networks and scaffold trees." Bioinformatics 36.12 (2020): 3930-3931. ScaffoldGraph는 open source로 scaffold를 쉽게 추출하고 분석하기 위한 python library 및 CLI tool 입니다. GitHub - UCLCheminformatics/ScaffoldGraph: ScaffoldGraph is an open-source cheminformati..

Synthetic lethality? PaperO'Neil, Nigel J., Melanie L. Bailey, and Philip Hieter. "Synthetic lethality and cancer." Nature Reviews Genetics 18.10 (2017): 613-623. "A synthetic lethal interaction occurs between two genes when the perturbation of either gene alone is viable but the perturbation of both genes simultaneously results in the loss of viability." 해당 논문에서는 synthetic lethality는 두 유전자 ..

Scaffold hopping ? PaperHu, Ye, Dagmar Stumpfe, and Jurgen Bajorath. "Recent advances in scaffold hopping: miniperspective." Journal of medicinal chemistry 60.4 (2017): 1238-1246. Scaffold hopping은 간단하게 말해서 서로 다른 core structure를 가진 active compound를 컴퓨터 기반으로 찾는 방법입니다. 아마 Activity cliffs 개념을 알고 계신다면 scaffold hopping 접근 방식이 어색하게 느껴지지는 않을 것 같습니다. Compound에서 가장 중요한 structure가 오히려 연구에 방해가 된다면 어떨까요..