study

Introduction Protein kinase는 세포 생명 활동 대부분에 필수적이기 때문에 중요하고 가장 활발하게 연구된 target 중 하나입니다. Tyrosine, serine, threonine 및 histidine residue의 인산화를 자신이나 다른 kinase에 촉매합니다. 인간 genome에는 518개의 protein kinase가 encoding 되어 있고, sequence에 기반해서 8가지 주요 kinase group(AGC, CAMK, CK1, CMGC, STE, TK, TKL 등)으로 분류됩니다. Kinome map은 이러한 분류를 한 눈에 볼 수 있게 해줍니다. 각 kinase group은 또 다시 kinase family로 세분화되는데, 모든 kinase가 ATP에 결합하기 ..

IntroductionHinge binder를 이해하기 위해서는 kinase에 대해 자세하게 알아야 합니다. Kinase에 대해 전부 설명하면 정작 중요한 hinge binder는 무엇인지 갈피를 잡기 어렵기 때문에 hinge binder를 이해하기 위한 최소한의 설명만 하고 넘어가겠습니다. Kinase는 염증, 신경퇴행성 질환, 심혈관 질환, 암 등 다양한 질환 치료에 적용 가능한 유명한 target 입니다. 인간 유전체에 518종의 protein kinase는 대사, 세포 주기, 분화, apoptosis 등 세포 과정의 거의 모든 측면을 조절하는데 관여합니다. 위 그림은 kinase가 ATP에서 인산기를 얻어서 protein을 인산화하는 모습입니다. 이 원리를 바탕으로 kinase inhibit..

0. Talktorials모든 study 는 TeachOpenCADD 를 바탕으로 구성하였습니다. T001 · Compound data acquisition (ChEMBL) — TeachOpenCADD 0 documentation Github:volkamerlab/teachopencadd: TeachOpenCADD: a teaching platform for computer-aided drug design (CADD) using open source packages and data 1. Theory 1-1. ChEMBL database “ChEMBL is a manually curated database of bioactive molecules with drug-like properties. It bri..

Binding Sites란? Binding sites는 ligand(substrates, inhibitors, other molecules)들이 다양한 분자 상호작용을 통해 부착될 수 있는 특정 분자의 위치를 말합니다. Binding sites는 많은 생물학적 분자의 기능에 매우 중요하며, 일반적으로 protein의 표면 또는 3차원 구조 내부에 위치해 있습니다. Ligand가 binding sites에 결합할 때 Protein의 구조 변화가 일어나며 이 변화는 protein의 기능을 활성화하거나 억제할 수 있습니다. Binding 과정은 효소 촉매 작용, 신호 전달, 분자 인식 등 수많은 생물학적 과정에서 필수적입니다. 예를 들어, 효소에서 기질이 결합하는 부위는 주로 active site라고 부르며,..